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水稻破口前5-7天是防治稻曲病的最佳时期。生产上一般可以掌握在水稻叶枕平（剑叶叶枕与倒二叶叶枕相平）或者在叶枕平向后推2-3天用药。
也可以在全田三分之一茎秆的剑叶（顶端第一片叶，也叫功能叶，功能叶的好坏直接对水稻后期灌浆及产量影响极大）全部抽出时用药，即俗称“大打苞”时施药，此时距水稻抽穗约有7天，用药时间过早过迟，防效均会下降。
水稻破口期是防治穗颈瘟的最佳时期，适用药剂：三环唑、稻瘟酰胺、春雷霉素、稻瘟灵、咪鲜胺、异稻瘟净等药。三环唑，稻瘟酰胺等持效期较长，15天左右。齐穗期再用一次药巩固防效。
实际用药过程中一般将穗颈瘟用药提前至与稻曲病药同时施用，同时可配合卷叶虫、螟虫和稻飞虱药一起使用，省工省时。